《人类衰退之后》的故事是以人类正渐渐地步出历史舞台，并由一种平均身高只有10公分，三头身的妖精主导了这个世界。这些妖精拥有高智能，而本作的女主角则成为了人类与妖精间的调停官，负责斡旋在妖精与人类之间的重要事务。虽然如此，由于妖精很少跟人类接触，因此女主角根本没啥工作可作，因此她想要好好研究妖精的生态，因此，《人类衰退之后》其实就是她与妖精们互动的观察日记了。