《战国大乱斗》的故事背景就如字所述，是以日本战乱频繁的战国时代为舞台，各名战国武将均以成为日本第一将军而一争天下。而在游戏中，“战神卡”是被封印在六个隐藏秘宝之中，而各武将也为了夺得这些“战神卡”，以助一夺天下之利，便互相展开撕杀。而玩家作为一名初出茅芦的武将，将要展开旅途，为了夺得这些“战神卡”而完成各种任务及打败武将BOSS。