高中生名侦探工藤新一，某一天在和毛利兰约会，看见两个身份不明的黑衣男子跑过，于是马上去追。被发现，然后，那两个身份不明的黑衣男子强灌毒药，致使身体缩小成儿时模样。为了找寻这两个黑衣男子，新一不得已化名为“江户川柯南”，生活在青梅竹马的毛利兰家中，想借助小兰的父亲毛利小五郎来找寻黑衣男子，不料毛利不但对新一找寻黑衣男子没有帮助，还是个冒失的迷糊侦探，新一实在看不过去，只好帮助毛利破了许多案子!